Webbläsaren som du använder stöds inte av denna webbplats. Alla versioner av Internet Explorer stöds inte längre, av oss eller Microsoft (läs mer här: * https://www.microsoft.com/en-us/microsoft-365/windows/end-of-ie-support).

Var god och använd en modern webbläsare för att ta del av denna webbplats, som t.ex. nyaste versioner av Edge, Chrome, Firefox eller Safari osv.

Porträttbild. Foto.

Carl Troein

Forskare

Porträttbild. Foto.

OCTAVVS : A graphical toolbox for high-throughput preprocessing and analysis of vibrational spectroscopy imaging data

Författare

  • Carl Troein
  • Syahril Siregar
  • Michiel Op De Beeck
  • Carsten Peterson
  • Anders Tunlid
  • Per Persson

Summary, in English

Modern vibrational spectroscopy techniques enable the rapid collection of thousands of spectra in a single hyperspectral image, allowing researchers to study spatially heterogeneous samples at micrometer resolution. A number of algorithms have been developed to correct for effects such as atmospheric absorption, light scattering by cellular structures and varying baseline levels. After preprocessing, spectra are commonly decomposed and clustered to reveal informative patterns and subtle spectral changes. Several of these steps are slow, labor-intensive and require programming skills to make use of published algorithms and code. We here present a free and platform-independent graphical toolbox that allows rapid preprocessing of large sets of spectroscopic images, including atmospheric correction and a new algorithm for resonant Mie scattering with improved speed. The software also includes modules for decomposition into constituent spectra using the popular Multivariate Curve Resolution–Alternating Least Squares (MCR-ALS) algorithm, augmented by region-of-interest selection, as well as clustering and cluster annotation.

Avdelning/ar

  • Beräkningsvetenskap för hälsa och miljö
  • MEMEG
  • Beräkningsbiologi och biologisk fysik - Har omorganiserats
  • Institutionen för astronomi och teoretisk fysik - Har omorganiserats
  • BECC: Biodiversity and Ecosystem services in a Changing Climate
  • Molekylär ekologi och evolution
  • Biologiska institutionen
  • Centrum för miljö- och klimatvetenskap (CEC)

Publiceringsår

2020-01-01

Språk

Engelska

Sidor

1-15

Publikation/Tidskrift/Serie

Methods and Protocols

Volym

3

Issue

2

Dokumenttyp

Artikel i tidskrift

Förlag

MDPI AG

Ämne

  • Biological Sciences
  • Other Physics Topics

Nyckelord

  • Atmospheric correction
  • Hyperspectral
  • Infrared spectroscopy
  • MCR-ALS
  • Mie scattering correction

Status

Published

Forskningsgrupp

  • Computational Science for Health and Environment
  • Molecular Ecology and Evolution Lab

ISBN/ISSN/Övrigt

  • ISSN: 2409-9279