Mina vetenskapliga intressen täcker ett brett område i skärningspunkten mellan biologi och beräkningsvetenskap. Den forskning jag bedrivit kan beskrivas som en blandning av modellering på olika detaljnivå – ofta utifrån nätverk av gener – och utveckling av algoritmer och mjukvara.
Jag arbetar med booleska modeller av gennätverk, HP-modellen för proteiner, stamcellsreglering, dygnsrytm i växter, växelverkan mellan potatis och bladmögel, evolutionära algoritmer, svampars nedbrytning av organiskt material I jord samt och metoder för behandling av spektroskopiska bilder. Det mesta av denna forskning har varit tvärvetenskaplig till sin natur, och jag har deltagit i två interdisciplinära teman: bioinspirerad energiomvandling och syntetisk biologi.
Byggstenarna i min forskning är sådant som ordinära differentialekvationer, grafalgoritmer, parameteroptimering och på senare tid även iterativa algoritmer för databearbetning samt maskininlärning. Nuvarande projekt fokuserar på mjukvara och algoritmer för spektroskopi- data, särskilt med biologiska och medicinska tillämpningar.
Som applikationsexpert på mjukvaruinfrastrukturen CIPA tillhandahåller jag tjänster inom min expertis, i synnerhet för spektroskopiska data i 2D. Kontakta mig gärna om att diskutera, utveckla, kombinera och visualisera olika steg i sådan databehandling.
För aktuell information om mina aktiviteter och CV, se min profil i Lunds universitets forskningsportal.
Publikationer
Visar av publikationer. Sorterade efter år och sen titel.
Facilitating clinically relevant skin tumor diagnostics with spectroscopy-driven machine learning
Emil Andersson, Jenny Hult, Carl Troein, Magne Stridh, Benjamin Sjögren, et al.
(2024) iScience, 27
Artikel i tidskriftElucidating fungal decomposition of organic matter at sub-micrometer spatial scales using optical photothermal infrared (O-PTIR) microspectroscopy
Michiel Op De Beeck, Carl Troein, Carsten Peterson, Anders Tunlid, Per Persson
(2024) Applied and Environmental Microbiology, 90
Artikel i tidskriftSyntetisk biologi - en hållbar lösning på klimatkrisen?
Rajni Hatti-Kaul, Nelida Leiva Eriksson, Ingemar André, Magnus Carlquist, Maria Hedlund, et al.
(2022)
AffischRegulation of fungal decomposition at single-cell level
Michiel Op De Beeck, Carl Troein, Syahril Siregar, Luigi Gentile, Giuseppe Abbondanza, et al.
(2020) ISME Journal, 14 p.896-905
Artikel i tidskriftPerfect edge-transmitting recombination of permutations
Adriaan Merlevede, Carl Troein
(2020) arXiv
ÖvrigtOCTAVVS : A graphical toolbox for high-throughput preprocessing and analysis of vibrational spectroscopy imaging data
Carl Troein, Syahril Siregar, Michiel Op De Beeck, Carsten Peterson, Anders Tunlid, et al.
(2020) Methods and Protocols, 3 p.1-15
Artikel i tidskriftHomology and linkage in crossover for linear genomes of variable length
Adriaan Merlevede, Henrik Åhl, Carl Troein
(2019) PLoS ONE, 14
Artikel i tidskriftThe soil organic matter decomposition mechanisms in ectomycorrhizal fungi are tuned for liberating soil organic nitrogen
César Nicolás, Tomas Martin-Bertelsen, Dimitrios Floudas, Johan Bentzer, Mark Smits, et al.
(2018) ISME Journal
Artikel i tidskriftFenton reaction facilitates organic nitrogen acquisition by an ectomycorrhizal fungus
Michiel Op De Beeck, Carl Troein, Carsten Peterson, Per Persson, Anders Tunlid
(2018) New Phytologist, 218 p.335-343
Artikel i tidskriftSelection Shapes Transcriptional Logic and Regulatory Specialization in Genetic Networks.
Karl Fogelmark, Carsten Peterson, Carl Troein
(2016) PLoS ONE, 11
Artikel i tidskriftRethinking transcriptional activation in the Arabidopsis circadian clock.
Karl Fogelmark, Carl Troein
(2014) PLoS Computational Biology, 10
Artikel i tidskriftLight and circadian regulation of clock components aids flexible responses to environmental signals
Laura E. Dixon, Sarah K. Hodge, Gerben van Ooijen, Carl Troein, Ozgur E. Akman, et al.
(2014) New Phytologist, 203 p.568-577
Artikel i tidskriftCarbon availability triggers the decomposition of plant litter and assimilation of nitrogen by an ectomycorrhizal fungus
F. Rineau, Firoz Shah, M. M. Smits, Per Persson, Tomas Johansson, et al.
(2013) The Isme Journal, 7 p.2010-2022
Artikel i tidskriftSBSI: an extensible distributed software infrastructure for parameter estimation in systems biology
Richard Adams, Allan Clark, Azusa Yamaguchi, Neil Hanlon, Nikos Tsorman, et al.
(2013) Bioinformatics, 29 p.664-665
Artikel i tidskriftOn evaluating models in Computational Morphodynamics.
Henrik Jönsson, Jeremy Gruel, Pawel Krupinski, Carl Troein
(2012) Current Opinion in Plant Biology, 15 p.103-110
Artikel i tidskriftCircadian rhythms persist without transcription in a eukaryote
John S. O'Neill, Gerben Van Ooijen, Laura E. Dixon, Carl Troein, Florence Corellou, et al.
(2011) Nature, 469 p.554-558
Artikel i tidskriftMutation-induced fold switching among lattice proteins.
Christian Holzgräfe, Anders Irbäck, Carl Troein
(2011) Journal of Chemical Physics, 135
Artikel i tidskriftProteasome function is required for biological timing throughout the twenty-four hour cycle
Gerben van Ooijen, Laura E. Dixon, Carl Troein, Andrew J. Millar
(2011) Current Biology, 21 p.869-875
Artikel i tidskriftMultiple light inputs to a simple clock circuit allow complex biological rhythms
Carl Troein, Florence Corellou, Laura E. Dixon, Gerben van Ooijen, John S. O'Neill, et al.
(2011) Plant Journal, 66 p.375-385
Artikel i tidskriftWeather and Seasons Together Demand Complex Biological Clocks
Carl Troein, James C.W. Locke, Matthew S. Turner, Andrew J. Millar
(2009) Current Biology, 19 p.1961-1964
Artikel i tidskriftIs Transcriptional Regulation of Metabolic Pathways and Optimal Strategy for Fitness?
Carl Troein, Dag Ahrén, Morten Krogh, Carsten Peterson
(2007) PLoS ONE, 2
Artikel i tidskriftTranscriptional dynamics of the embryonic stem cell switch
Vijay Chickarmane, Carl Troein, Ulrike Nuber, Herbert M. Sauro, Carsten Peterson
(2006) PLoS Computational Biology, 2 p.1080-1092
Artikel i tidskriftAn introduction to BioArray software environment
Carl Troein, Johan Vallon-Christersson, Lao Saal
(2006) Methods in Enzymology, 411 p.99-119
Artikel i tidskriftAn introduction to BASE
Carl Troein, Johan Vallon-Christersson, L. H. Saal
(2006) Methods in Enzymology: DNA Microarrays, Part B: Databases and DNA Microarrays, Part B: Databases and statistics, 411 p.99-119
Del av eller Kapitel i bokRandom maps and attractors in random Boolean networks
Björn Samuelsson, Carl Troein
(2005) Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics), 72
Artikel i tidskriftSignal transduction pathway profiling of individual tumor samples
Thomas Breslin, Morten Krogh, Carsten Peterson, Carl Troein
(2005) BMC Bioinformatics, 6
Artikel i tidskriftPHOREST: a web-based tool for comparative analyses of expressed sequence tag data
Dag Ahrén, Carl Troein, Tomas Johansson, Anders Tunlid
(2004) Molecular Ecology Notes, 4 p.311-314
Artikel i tidskriftGenetic networks with canalyzing Boolean rules are always stable
S Kauffman, Carsten Peterson, Björn Samuelsson, Carl Troein
(2004) Proceedings of the National Academy of Sciences, 101 p.17102-17107
Artikel i tidskriftRandom Boolean network models and the yeast transcriptional network
Stuart Kauffman, Carsten Peterson, Björn Samuelsson, Carl Troein
(2003) Proceedings of the National Academy of Sciences, 100 p.14796-14799
Artikel i tidskriftSuperpolynomial growth in the number of attractors in Kauffman networks
Björn Samuelsson, Carl Troein
(2003) Physical Review Letters, 90
Artikel i tidskriftSuperpolynomial growth in the number of attractors in Kauffman networks (conference report)
Björn Samuelsson, Carl Troein
(2003) Acta Physica Polonica B, 34 p.5051-5061
Artikel i tidskriftBioarray software environment: a platform for comprehensive management and analysis of microarray data
Lao Saal, Carl Troein, Johan Vallon-Christersson, Sofia Gruvberger, Åke Borg, et al.
(2002) Genome Biology, 3 p.1-2002
Artikel i tidskriftEnumerating designing sequences in the HP model
Anders Irbäck, Carl Troein
(2002) Journal of Biological Physics, 28 p.1-15
Artikel i tidskrift