Webbläsaren som du använder stöds inte av denna webbplats. Alla versioner av Internet Explorer stöds inte längre, av oss eller Microsoft (läs mer här: * https://www.microsoft.com/en-us/microsoft-365/windows/end-of-ie-support).

Var god och använd en modern webbläsare för att ta del av denna webbplats, som t.ex. nyaste versioner av Edge, Chrome, Firefox eller Safari osv.

Bild på Tobias Ambjörnsson

Tobias Ambjörnsson

Universitetslektor

Bild på Tobias Ambjörnsson

Stochastic approach to DNA breathing dynamics

Författare

  • S. K Banik
  • T Ambjörnsson
  • R Metzler

Summary, in English

We propose a stochastic Gillespie scheme to describe the temporal fluctuations of local denaturation zones in double-stranded DNA as a single-molecule time series. It is demonstrated that the model recovers the equilibrium properties. We also study measurable dynamical quantities such as the bubble size autocorrelation function. This efficient computational approach will be useful to analyse in detail recent single-molecule experiments on clamped homopolymer breathing domains, to probe the parameter values of the underlying Poland-Scheraga model, as well as to design experimental conditions for similar setups.

Publiceringsår

2005-09-01

Språk

Engelska

Sidor

852-858

Publikation/Tidskrift/Serie

Europhysics Letters

Volym

71

Issue

5

Dokumenttyp

Artikel i tidskrift

Förlag

EDP Sciences

Ämne

  • Other Physics Topics
  • Biophysics

Status

Published

ISBN/ISSN/Övrigt

  • ISSN: 0295-5075