Webbläsaren som du använder stöds inte av denna webbplats. Alla versioner av Internet Explorer stöds inte längre, av oss eller Microsoft (läs mer här: * https://www.microsoft.com/en-us/microsoft-365/windows/end-of-ie-support).

Var god och använd en modern webbläsare för att ta del av denna webbplats, som t.ex. nyaste versioner av Edge, Chrome, Firefox eller Safari osv.

Foto på Mattias Ohlsson

Mattias Ohlsson

Professor

Foto på Mattias Ohlsson

Protein structure alignment using mean field annealing

Författare

  • Mattias Ohlsson

Summary, in English

Unraveling functional and ancestral relationships between proteins as well as structure prediction procedures require powerful protein alignment methods. This paper describes the use of fuzzy alignments when matching protein structures. The method use mean-field annealing optimization of fuzzy alignment variables, based on a cost expressed in terms of distances between aligned atoms and of gaps. The approach performs well when compared to other methods, requires modest CPU consumption, and is robust with respect to choice of iteration parameters for a wide range of proteins.

Avdelning/ar

  • Beräkningsbiologi och biologisk fysik - Genomgår omorganisation

Publiceringsår

2004

Språk

Engelska

Dokumenttyp

Konferensbidrag

Ämne

  • Biophysics

Conference name

WSEAS International Conference on Mathematical Biology and Ecology

Conference date

2004-08-17 - 2004-08-19

Conference place

Corfu, Greece

Status

Published